Спирулина может содержать микроцистины — нейротоксины, опасные при некачественной очистке.

Спирулина растёт в водоёмах, где могут размножаться токсичные сине-зелёные водоросли, выделяющие микроцистины. Дешёвые добавки часто недостаточно очищены, и потребитель покупает не только полезные белки, но и потенциально нейротоксичные вещества.